一座与世隔绝的神秘岛屿。一段诡异、特别的夏日奇遇。暑假某日，武田正时被骗到了一座小岛，但才刚来到岛上，便感觉岛上的人有点奇怪。而且受岛上的少年少女排斥、长得超可爱的神秘美少女春留，竟然以“秘密”的姿态对正时开口：“可以跟我做朋友吗？”吓得正时魂飞魂散。春留和岛人究竟有着什么不可告人的秘密！？

浅羽直之是园原中学校的二年级学生。隶属于非公认的游击新闻部的他，和部长水前寺邦博在暑假期间过者到后山寻找UFO的日子。在园原有个UFO传闻不断的著名空军基地，水前寺在探索它的秘密。不过花了整个暑假，仍然没有得到任何关于UFO的成果。 暑假的最后一晚，想留下一些回忆的浅羽潜入了学校的游泳池，在那里遇见了名为伊里野加奈的神秘少女。还不能了解状况的浅羽，才刚接触了伊里野，马上就出现了自称伊里野哥哥的谜之男子，将伊里野带走了。 翌日的开学日，伊里野转进了浅羽所就读的班级。因为事件被班上同学孤立的伊里野，与十分在意伊里野的浅羽，还有围绕在少女周围的各式各样奇妙谜团。浅羽直之的UFO之夏，就在夏天的微风当中悄悄地开始了。 这是个少年和少女交织而成，淡淡而悲伤的科幻青春故事。