『你叫做……老鼠？你从哪里来的？』 　『我来自……这个都市最阴暗湿滑的角落……』 　NO.6，一个没有犯罪、没有灾害，也没有疾病的未来都市。在这里，只要是天赋杰出的人，就能拥有最佳的教育环境和生活；而少年紫苑，也是备受政府保护的菁英之一。 　然而，就在紫苑十二岁生日这天，一个不属于他世界的人物却闯进了他的房间，也让他的生活从此彻底逆转！ 　那是一个浑身湿透、受伤流血的少年，他称自己为——老鼠。老鼠生气蓬勃的深灰色眼眸深深震撼着紫苑！逃亡、枪伤、血腥……老鼠的世界里究竟有着什么呢？那是在NO.6以外的地方，却彷佛是天堂与地狱的差别！ 　老鼠在次日一早不知不觉的消失了！紫苑却因为窝藏逃犯，被剥夺了一切待遇，贬为都市最下层的居民。虽然失去一切，但紫苑未曾对自己的选择后悔，甚至想再见老鼠一面。没想到，当紫苑终于与老鼠再度相见的时候，竟然是紫苑濒临死亡的瞬间……

二〇××年，散落于某国辽阔原野的某个石窟里，发现了大量的羊皮纸。发现者是闻名世界的女性考古学家早苗‧Ｒ‧上岛博士。根据她长年以来研究这片土地历史的结果，她深信这一带在史前时代就有发达的文明与人类生活的痕迹。调查过挖掘出来的遗物后，得知这些遗留下来的文明，对人类来说是未知的领域。神又是什么样的一种存在？在遥远的过去，这片土地上曾经有茂密的森林、涌泉、河川，还有人类居住的城市，处处都有神的影子。神到底如何成为神？人与神如何共生？神又是什么样的一种存在？上岛博士看著从未见过的文字，小声嘟嚷道。……「留伊。」……

「没人栽培也无所谓。就算不藉助别人的力量，我也能成为最棒的投手。我相信自己的能力——」 巧和豪成为中学生，加入了棒球社。等著两人的则是在教练的彻底管理下，用进行流水作业般的态度，一个口令一个动作地进行社团活动的社团学长们。相对于反抗教练、展现绝对自信的巧，豪对周遭迷失方向的人逐渐感到不满。最后终于引发了某个事件！

　　新里林弥是个正准备元服、还没满十五岁的年轻武士，他出生在中阶武士家族，有志同道合的好友——源吾和和次郎——，对嫂嫂七绪怀抱着单纯的恋慕，然而比起来他更加敬重兄长结之丞。武艺超群并被家族寄予厚望的结之丞，却在某次回家途中，遭人从背后暗算身亡。 　　林弥决心要在剑术上精进变强，找出凶手。这时，樫井透马出现在林弥面前，而他是幕府重臣樫井家的庶子，也是哥哥结之丞的弟子。在追查的过程中，他们发现幕后的主使和幕府高层有关，结之丞的死也不单纯是遭到寻仇，而好朋友源吾任职在幕府的父亲，似乎也和这件事情有关！ 　　随着一步步的接近真相，林弥也越来越迷惘，也发现，哥哥的死并没有这么简单，其中牵连得太广，或许永远都无法得知真相……但是就在某天晚上，好友源吾家起火燃烧！这和结之丞之死究竟有什么关联？